مؤسسۀ پژوهشي حكمت و فلسفۀ ایران به منظور پاسخگويی به نيازهای پژوهشی كشور در زمينه­های فلسفه، حكمت و دانشهاي مرتبط  تأسیس شده است. این مؤسسه پیش از این در قالب دو پژوهشکدۀ "حكمت و اديان" و "تاريخ و فلسفۀ علم" فعالیت می­کرد که بر اساس مصوبۀ شورای گسترش آموزش عالی به تاریخ خردادماه 1380 در ساختار جدید به فعالیت خود ادامه می­دهد.
 
اهداف مؤسسه بدین قرارند:
 
1. كمك به توسعۀ پژوهش در زمينه­های حكمت اسلامی، فلسفۀ غرب، كلام، اديان و عرفان، فلسفۀ تطبيقی، منطق، تاريخ و فلسفۀ علم، مطالعات علم و فلسفۀ دين؛
 
2. زمينه­سازی مناسب برای ارتقای فعاليت‌های پژوهشی فلسفی و نظری در كشور؛
 
3. بررسي و شناسايی شاخه­های نوين فلسفه و معرفی آن‌ها در كشور؛
 
4. طرح مسائل سنتی فلسفه و رشته­های مرتبط به روشی جديد؛
 
5. كوشش برای احيای جايگاه ويژۀ ايران در فلسفۀ اسلامی و فلسفه به صورت کلی؛
 
6. كوشش برای نشر فرهنگ فكر و انديشۀ فلسفی و منطقی در جامعه.
 
وظایف مؤسسه در راستای اهداف فوق­الذکر مواردی چون: انجام طرح‌های پژوهشی بنيادی، كاربردی و توسعه­ای، پرداختن به دانش‌های ميان­رشته­ای بين فلسفه و دیگرعلوم،  تصحيح و ترجمه و تأليف متون فلسفی، عرفاني و كلامی به زبان‌های فارسی و خارجی، همكاری با مراكز فلسفی و مؤسسات مشابه در جهان،  جذب نخبگان و پژوهشگران ممتاز و برجستۀ داخل و خارج و چاپ و انتشار فصلنامه و كتب و نشريات تخصصی هستند.
 
اركان مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ايران هيئت امنا، رئيس و  شوراي پژوهشی هستند. هیئت امنا از وزیر علوم تحقيقات و فناوری ( رئيس هيئت امنا )، رئيس سازمان مديريت و برنامه ريزی كشور و يا نمايندۀ وی و چهار تا شش تن از شخصيت‌هاي علمي – فرهنگی كه نقش مؤثری در توسعه و پيشرفت مؤسسه داشته باشند و رئيس مؤسسه ( دبير هيئت امنا ) تشکیل شده است. این هیئت وظایفی را چون: تدوين و تصويب آيين نامه داخلي هيئت امنا،  تصويب سازمان اداری مؤسسه بر اساس ضوابط و مقررات و بررسی و تصويب بودجه مؤسسه كه از طرف رييس مؤسسه پيشنهاد می­شود برعهده دارد.
 
رییس مؤسسه پژوهشی حکمت و فلسفه ايران هم وظایفی را چون: اداره و هدايت امور مؤسسه و نظارت بر حسن اجرای كليۀ فعاليتهای آن، پيشنهاد تشكيلات مؤسسه به هيئت امنا، تنظيم و پيشنهاد بودجۀ سالانه به هيئت امنا، تنظيم و پيشنهاد برنامۀ سالانه و پنج ساله به هيئت امنا و ارائۀ گزارش عملكرد سالانۀ مؤسسه به هيئت امنا و وزارت علوم ، تحقيقات و فناوری برعهده دارد.
 
شورای پژوهشی مؤسسه از رييس مؤسسه ( رييس شورا )، معاون پژوهشي مؤسسه ( دبير شورا) ، رؤسای پژوهشكده­ها و دو تا پنج نفر ازاعضای هيئت علمی تشکیل شده است.
 
وظايف و اختيارات شورای پژوهشی بدین قرارند:
1. تصويب طرح‌ها و برنامه­های پژوهشی؛
2 . نظارت بر كيفيت و حسن اجرای طرح‌های پژوهشی؛
3 . نظارت بر انتشار نشريات پژوهشی؛
4 . بررسی نيازهای تجهيزاتی، انتشاراتی و پژوهشی؛
5 . تعيين خط­مشی مؤسسه برای ارتباط علمی با ساير مراكز آموزشی – پژوهشی؛
6 . ارزيابی نتايج فعاليت‌های پژوهشی؛
7 . بررسی و تصويب سفرهای علمي كوتاه مدت و بلند مدت.